Tôn giáo chính ở Mayotte là Hồi giáo, với 97% dân số theo đạo Hồi và 3% theo đạo Thiên chúa. Công giáo La Mã, không có giáo phận thích hợp nhưng được phục vụ, cùng với Comoros, bởi một thẩm quyền truyền giáo, Đại diện Tông tòa của Quần đảo Comoros.
Theo truyền thống Sunni, được du nhập bởi các cộng đồng Ả Rập-Ba Tư, dung nạp và thấm nhuần sâu sắc văn hóa Swahili của người Comoros, một tôn giáo có cấu trúc xã hội nhuốm màu tín ngưỡng châu Phi và Malagasy. Từ 6 tuổi, trẻ em theo học cùng lúc trường Koranic và trường tiểu học của Cộng hòa.
Tiếng gọi của muezzin cho những lời cầu nguyện khác nhau trong ngày, từ bình minh đến sau khi mặt trời lặn, là một phần của những khoảnh khắc mạnh mẽ của cuộc sống trên đảo, giống như khoảng thời gian của tháng Ramadan khi màn đêm tràn ra sau bầu không khí yên tĩnh đáng ngạc nhiên trong ngày.
Cơ đốc giáo cũng có mặt, trong số một thiểu số dân số, đặc biệt là vùng đô thị và Malagasy. Người Malagasy đã mang theo niềm tin và sự mê tín của họ, đặc biệt là về djinn.
Tìm hiểu thêm: Những tôn giáo lớn theo tín đồ trên thế giới.